Le CIAP est constitué d’une exposition permanente présentant de manière ludique l’architecture et le patrimoine de la ville dans toutes ses composantes et d’un espace d’expositions temporaires. Trois projections relatent l’histoire de la formation du site de la ville, son histoire de l’antiquité à 1950, et de 1950 à nos jours puis le futur.
Depuis 1986, la ville de Besançon est labellisée « Ville d’art et d’histoire ». Besançon fait ainsi partie d’un réseau qui compte actuellement 146 Villes et Pays d’art et d’histoire attachés à la valorisation et à l’animation de leur patrimoine et de leur architecture, grâce à un programme d’actions diversifiées.
La création du CIAP s’inscrit dans cette démarche.
L’Hôtel de Ville, place du Huit Septembre, a été identifié comme lieu d’accueil de cette structure.