Das Nationalgestüt von Besançon wurde 1754 gegründet. Es wurde 1852 in den 1 Hektar großen, baumbestandenen Park 52 rue de Dole im Stadtteil Grette-Butte in der Nähe des Stadtzentrums von Besançon verlegt. Diese Infrastruktur ermöglicht die ständige Unterbringung von Pferden aller Rassen. Das Nationalgestüt von Besançon war besonders dafür bekannt, dass es Züchtern Hengste der Comtoiser Zugrasse zur Verfügung stellte.
Das Nationalgestüt Besançon hat es sich zur Aufgabe gemacht, die Entwicklung des Pferdesektors in der Franche-Comté zu unterstützen und seine Leidenschaft für Pferde durch sein historisches, kulturelles und lebendiges Erbe zu teilen.