Das historische Museum beschäftigt sich anhand von Fotografien, Texten und Originaldokumenten mit den wichtigsten Aspekten des 2. Weltkriegs: dem Nationalsozialismus von seinen Anfängen an, dem Krieg und dem Vichy-Regime, dem Widerstand in der Franche-Comté, in Frankreich und in Europa, und mit der Befreiung vom Faschismus. Das Museum zeichnet sich vor allem durch seine besonders umfassende Aufarbeitung der Themen Deportation und Endlösung aus. Zeichnungen, Gemälde und Skulpturen aus Gefängnissen und Konzentrationslagern vervollständigen die pädagogisch aufbereitete Darstellung. Während der deutschen Besatzung (1941 – 1944) wurden hier etwa hundert Widerstandskämpfer aus der Franche-Comté erschossen.
