Das Musée Comtois zeigt heute eine Ausstellung über die Geschichte der Menschen und Landschaften, die die Franche- Comté in den letzten Jahrhunderten geprägt haben, mit einer nunmehr auch verstärkten ethnographischen Ausrichtung auf die Welt und die moderne Gesellschaft und stützt sich dabei auf
regelmäßig stattfindende Sonderausstellungen.